Da gibt es doch mittlerweile eigene Transportboxen für Hunde in allen möglichen Größen. Wenn denn dein Auto dafür entsprechend den Platz bietet, dann ist das sicherlich die beste Variante. Alternative kann der Hund auch auf der Rückbank liegen, ist aber im Falle eines Unfalls sehr gefährlich.
Vor allem muss dir auch bewusst sein, dass mit Hund regelmäßig Auto waschen auf dem Programm steht.